Mamadou Fofana commence le football au sein de sa ville natale, à l’ES Mont-Gaillard, club de la banlieue havraise. Il est repéré ensuite par Le Havre AC et rejoint son centre de formation à l’âge de 11 ans. Fofana poursuit son parcours avec le club normand jusqu’à apparaître avec l’équipe professionnelle pour la première fois le 15 novembre 2020 en Coupe de France face à l’USL Dunkerque. Il apparaît à dix reprises avec le HAC la saison suivante, mais, en fin de contrat, il est laissé libre par le club.

Le 22 juin 2021, il s’engage pour trois saisons avec l’Amiens SC, en Ligue 2. Il apparaît régulièrement dans le groupe professionnel du club picard avant de s’imposer comme un titulaire indiscutable lors de la saison 2022-2023.